Gmina położona jest w zlewni Biebrzy, która od wschodu stanowi granicę gminy. Do Biebrzy uchodzi kilka drobniejszych cieków, z których największym dopływem jest rzeczka Przytulanka. Południowa część gminy położona jest w zlewni Narwi. Największym dopływem rzeki jest Jedwabinianka przepływająca przez Jedwabne i uchodząca do Narwi poniżej Wizny.

W gminie brak jest większych zbiorników wodnych. Naturalne oczka wodne spotyka się w obrębie lasów, między innymi w okolicach wsi Pieńki Borowe, Borawskie, Konopki Tłuste, Karwowo Polki oraz w dolinach i obniżeniach (Jedwabne, Jedwabne Biczki, Pawełki, Olszewo Góra, Kamianki Chmielewo). W kilku miejscowościach występują niewielkie stawy, między innymi we wsi Orlikowo, Kossaki, Kubrzany, Kamianki.

Pod względem warunków hydrogeologicznych, obszar gminy podzielony jest na dwa rejony występowania wód gruntowych. Pierwszy rejon to wody tworzące ciągły i swobodny poziom. Wody tego poziomu powiązane są ze stanami wód rzecznych. Drugi rejon zalega pod warstwą trudno przepuszczalnych utworów gliniastych.

Wschodnia część gminy Jedwabne, znajduje się w granicach Głównego Zbiornika Wód Podziemnych nr 217 "Pradolina rzeki Biebrza". Szacunkowe zasoby dyspozycyjne zbiornika kształtują się w wielkości około 200 tyś. m3/dobę, przy średniej 50 m głębokości ujęć. Z uwagi na zaleganie w podłożu osadów torfowych i piaszczystych, zbiornik narażony jest na zanieczyszczenia wód podziemnych i wymaga szczególnej ochrony ścieków.