Gmina położona jest w dolinie rzeki Biebrzy, która jest prawobrzeżnym dopływem Narwii III - rzędu, leżącym w dolinie Wisły. Długość całkowita rzeki wynosi 155,3 km. Obszar zlewni wchodzi w skład województwa podlaskiego i warmińsko - mazurskiego.

Źródła Biebrzy znajdują się w rejonie Wzgórz Sokolskich, na południe od miejscowości Nowy Dwór. Początkowo rzeka płynie w kierunku północnym i północno-zachodnim, następnie w kierunku zachodnim. W pobliżu miejscowości Krasnybór rzeka zmienia kierunek na południowo - zachodni, a w pobliżu Osowca na południowy i uchodzi do Narwi.

Biebrza posiada charakter rzeki nizinnej z licznymi meandrami starorzeczami. Kotlina Biebrzańska jest największym w Polsce kompleksem torfowisk niskich stosunkowo mało zamieszkanych przez człowieka, z fragmentami torfowisk przejściowych i wysokich, minimalnych wysoczyzn, grądów śródbagiennych i nizinnych, meandrujących dopływów Biebrzy z licznymi starorzeczami. Ze względu na unikalne walory przyrodnicze w 1993 r. na tym obszarze utworzono największy w Polsce obszar chroniony - Biebrzański Park Narodowy, obejmujący dolinę Biebrzy wraz z fragmentami jej dopływów.

Część obszaru gminy Jedwabne (457 ha) zajmuje Biebrzański Park Narodowy. Powierzchnia otuliny Parku wynosi 520 ha na terenie gminy.

Do Biebrzy uchodzi z terenu gminy również rzeczka Przytulanka. W strefie krawędziowej pojawiają się inne drobne, bezimienne cieki o charakterze epizodycznym